Mélyvízi hal, rendszerint távol marad a partoktól és a folyóvizek felső szakaszának kavicsos aljzatán ívik. Élőhelytől függően március-május között az ivarérett példányok a tavakba ömlő folyókba vagy a levezető csatornákba úsznak, esetleg a sekély vizű partszakaszokat keresik fel. A hímek fején és hátán nászkiütések jelennek meg. Ívásához ideális a 10-12 fokos vízhőmérséklet. A nőstények által érlelt ikra mennyisége testtömeg-kilogrammonként 32-35 ezer, az ikraszemek átmérője 1,9-2,1 mm között változik.

Legkönnyebben a nyúldomolykóval és a fejes domolykóval lehet összetéveszteni, de az oldalvonalon található pikkelyszámuk eltér. Közeli rokona a leánykoncér oldalvonala mentén is kevesebb, 44-49 pikkely számolható. A paduc a szilvaorrú keszeg és az állas küsz pikkelyszáma ugyan hasonló, de a paducnak teljesen alsó állású a szája, a szilvaorrú keszegnek pedig az anális úszója lényegesen hosszabb és az állas küsz szája felső állású.

A gyöngyös koncér élőhelye a felső Duna-szakasz néhány tava, valamint ezek be- és kifolyó vizei Bajorországban (Chiem-tó), Ausztriában (Traun, Attersee és Mondsee). A törzsalak Rutilus frisii frisii mint vándorhal a Fekete-tenger északnyugati felének brakkvizeiben él, és ívás idején (március-április) a beömlő folyókba (Dnyeszter, Nyugati-Bug, Dnyeper, Don, Rion, Batum) úszik fel.